In accordo con i magistrati, Calvino intende anche riformare Ginevra sulla base della legge divina, mantenendole però il suo carattere di città cristiana. A questo scopo suggerisce una serie di provvedimenti: vengono promulgate le Ordonnances, un regolamento della vita cittadina, di cui il Consistoire, organo disciplinare, deve verificare l’attuazione; viene pubblicato un catechismo per l’insegnamento della nuova fede; vengono aperte scuole per tutti e l’ospizio per i malati.
I magistrati e Calvino hanno però visioni diverse. I primi, esponenti della borghesia ginevrina, ragionano in termini localistici e, come i loro colleghi svizzeri, considerano la chiesa un elemento della vita civile che rientra nella loro giurisdizione.
Calvino invece, francese e ispirandosi alla sua cultura, pensa in termini europei e rivendica per la chiesa una piena autonomia.
Di qui una situazione che per molti anni si mantiene fortemente conflittuale.